阮家棚河床由石门、瀑布、碧潭三种地貌组成。上部是砂岩，受高温高压作用发生挤压变形，是固流褶皱岩层；中部瀑布地段是断层变质岩，庐山抬升过程中，岩层沿此层位发生断裂、错动，岩石碎块经过胶结作用，形成断层变质岩；下部碧潭之下的岩石，是变质核杂岩的核心部位。