石門澗峡谷は河谷で、幅が狭く、両側が切り立った崖からなっている。岩の硬く垂直な亀裂から形成されたものであり、河川の上流などの下刻作用の強い所に位置している。石門澗はもともと氷河U字谷であったが、その後、氷河の融解によって、峡谷となった。